Die erfolgreiche Zertifizierung nach DIN EN ISO 9001:2000 bildet einen Meilenstein in der Entwicklung des Klinikums Freising. Das Qualitätsmanagementsystem steht für eine kontinuierliche Verbesserung der internen Arbeitsorganisation sowie die Optimierung aller Prozessabläufe. Außerdem wird eine kontinuierliche Erhöhung der Mitarbeiter- und Patientenzufriedenheit angestrebt.

Mit dem Erwerb des Qualitätssiegels wird die bereits gelebte Qualität im Klinikum nach innen und außen sichtbar gemacht. Das Klinikum ist in zwei Bereichen zertifiziert worden. Zum einen mit allen Bereichen der Krankenversorgung und der Verwaltung und zum anderen mit der Endoskopie - Vorsorge Koloskopie.